L'ensemble de ce qu'on appelle aujourd'hui le site des Vallées de la Loue et du Lison s'est constitué en plusieurs étapes.
Voici quelques clés pour connaître l'histoire de la mis en place de Natura 2000 localement...
En décembre 1998, reconnus pour leur importance écologique, , le site « Vallée du Lison » et le site "Vallée de la Loue de sa source à Quingey" ont été proposés comme Site d’Importance Communautaire pour figurer dans le réseau Natura 2000 après consultation préalable, par les services de l’Etat, des communes, collectivités, chambres consulaires, organismes socioprofessionnels, associations et acteurs locaux concernés.
A cette époque, ces deux sites faisaient partie des 1029 sites naturels retenus au niveau national afin d’intégrer le réseau européen Natura 2000 à l’orée de 2004. C’était l’un des 40 sites francs-comtois.
Le Syndicat Mixte du Pays Loue– Lison, à Amancey, était alors désigné comme opérateur Natura 2000.
Le chargé de mission Natura 2000 a animé un processus de concertation, avec l'appui des services de l'état, auprès des acteurs locaux, pour élaborer, les documents d'objectifs des sites, sur la base des connaissances disponibles.
Le document d'objectifs de la Vallée du Lison a été approuvé en 2003, et le document d'objectifs de la Vallée de la Loue de sa source à Quingey le fut en 2006.
Dès lors, des actions ont pu émerger en faveur de la préservation de milieux et d'espèces, via des contrats Natura 2000.
L'importance des habitats et espèces s'étend à de nouveaux territoires ...
En 2005, l'état français ayant désigné un nombre de sites Natura 2000 insuffisant selon l'Europe, de nouveaux secteurs d'intérêt patrimoniaux ont été proposés pour intégrer le réseau.
Ainsi, le Crêt Monniot, en secteur amont du bassin versant de la Loue, a été désigné, notamment car y étaient présentes des prairies de fauches maigres montagnardes encore en bon état de conservartion.
Et, la Loue de l'aval de Quingey jusqu'à Arc-et-Senans, a été désignée également, notamment en raison de la présence de l'Apron du Rhône, un petit poisson menacé au niveau mondial, car n'existant que dans le bassin versant du Rhône et de ces affluents.
Un complément aux documents d'objectifs existants a été élaboré, toujours avec la participation des acteurs locaux, notamment au sein de groupes de travail thématiques.
Dès 2009, il a été décidé d'un commun accord avec les communes d'inclure de nouveaux territoires à enjeu vis-à-vis de la biodiversité (représentant près de 2000 hectares supplémentaires).
Un dialogue permanent ...
Dès le début du processus de désignation des territoires au sein des sites Natura 2000 des Vallées de la Loue et du Lison, l'opérateur Natura 2000 et les services de l'état ont consulté les communes et acteurs locaux concernés par le périmètres afin de discuter des volontés locales avant validation officielle.
